Установка газового котла требует отдельного помещения (котельной) и создания воздуховодов к камере сгорания, а также дымохода для отвода продуктов горения. В противном случае экология помещения резко ухудшается. Это требует дополнительных, не учтенных в таблице N1, затрат. Для получения горячей воды некоторые котлы имеют встроенный бойлер, однако для доставки этой горячей воды к месту использования (например, из подвала на первый и второй этаж, в другой конец дома) требуется проложить значительное количество труб. Проходя по ним, вода остывает, возникает инерционность горячей и холодной воды, понижается экономичность. Это удорожают монтаж, и портит интерьер. Альтернативным вариантом в этом случае может быть установка электрического водонагревателя по месту использования, что оказывается значительно удобнее, так как в летний период отопление не включается, а горячая вода нужна всегда.

Следует заметить, что на территории Украины, особенно зимой, давление газа снижается до 100 - 120 мм водяного столба, при норме для котлов 180 мм. Это может привести к отключению отопительной системы с соответствующими последствиями.

Жидкотопливные котлы (на солярке) имеют самую дорогую установку. Им дополнительно требуется монтаж емкости для нескольких тонн топлива (700-800$). Обязательно необходим фильтр тонкой очистки топлива, иначе форсунки котла быстро засорятся, котел начинает дымить и существенно снижается КПД. Для работы такого котла обязательно нужно электричество в системе зажигания, контроля горения и работы насоса подачи топлива. К сожалению даже кратковременное отключение питания требует присутствия человека для повторного включения отопления. Проблемы горячей воды, котельной и дымоходов, такие же, как и у газового котла.

Недостатки твердотопливных котлов обусловлены необходимостью в течение суток постоянно следить за топочной камерой и вручную загружать топливо. Необходимо иметь запас топлива в значительных объемах, иметь площадки для хранения, осуществлять доставку, загрузку и разгрузку топлива.

Существующие сегодня комбинированные котлы на два и более видов топлива стоят дороже и имеют особенности монтажа и эксплуатации, описанные выше. Дополнительно нужно отметить, что переход с одного топлива на другое происходит в ручном режиме, то есть необходимо присутствие человека.

Следует заметить, что у большинства котлов защитная автоматика работает от электросети и при отключении электроэнергии прекращается подача газа, как на основную, так и запасную горелку. Для включения системы, как правило, требуется присутствие человека, хотя в настоящее время появились котлы с автоматическим розжигом от электрического разряда и с резервной аккумуляторной батареей.